巴川水系の本流である巴川は、文殊岳へつづく低山の山麓から流れ出てすぐに平地の流れとなり、麻機から清水港までのかつては入江だった低湿地帯を蛇行を繰り返しながら流れる川でした。しかし明治の時代から改修が始まり、蛇行が失われていきました。現在の巴川にはかつて大蛇行を繰り返したおもかげはほとんど残されていません。
巴川が流れ下るうちに周囲の山から発して流れ下ってくる浅畑川、吉田川、草薙川、長尾川、塩田川、四方沢川、山原川、大沢川、常念川などが出合います。これら支流と巴川との合流点には小さな扇状地が形成され、川水はしだいに伏流していきます。その最たるものは長尾川で、巴川との合流点近くになると川水は少なくなり、やがてかれてしまいます。この川が巴川とつながるのは雨の多い時期に限られます。
麻機地区を過ぎて南流する巴川が北東に向きを変える古庄からは、大谷川放水路が派川として分かれ南流します。この放水路はかつては独立した河川であった大谷川の流路をもとに拡幅したものです。これにより以前は巴川に流れ込んでいた後久川や大慈悲院川は流れを変えられて、この放水路の支流となったのでした。
巴川のいくつかの支流には、これをせき止めて農業用水とするため池も見られます。山原川や大沢川ならびにそれらの支流には山原堤、上原堤、船越堤など｢堤｣の名をもつもののほか、有東坂池、山田池など｢池｣の名をもつものもあります（船越堤は夫池・婦池に分かれます）。

自然の池もあります。瀬名の弁天池は湧水の池で、かつてはわき水の量も多く、池水もたいへん清く冷たいものでした。周囲の開発が進み、わき水も減ってしまいました。現在、麻機遊水地として掘削され整備されているあたりにも、かつては浅畑沼とよばれる大きな沼がありましたが、巴川の改修とともに干拓されていったんは農地となりました。昭和49年（1974年）のいわゆる七夕豪雨の被害のあと、見直されて再び湿地に戻されることになりました。その事業はまだ続いていますが、完成のあかつきには広大な湿地が出現することになるでしょう。